La chiesa, con annesso monastero, sorta su un’area cimiteriale tardo-antica e di fondazione altomedievale, è dedicata al martire Ponziano, patrono di Spoleto, che qui, secondo la tradizione, sarebbe stato sepolto nell’a. 175. Facente parte del complesso religioso del monte Ciciano – comprendente anche le chiese di S. Salvatore e S. Michele –, probabile mausoleo cittadino e santuario terapeutico, della costruzione romanica restano la facciata, il campanile, l’abside e la cripta, mentre l’interno ha subito pesanti rimaneggiamenti nel secolo XVIII, ad opera di Giuseppe Valadier.
Le pareti riccamente dipinte della cripta accolgono un gran numero di graffiti, realizzati tra il XIV e il XV secolo.