La chiesa di San Rufino d’Arce, databile intorno all’anno Mille, prende il nome dalla tradizione agiografica, secondo cui in questo luogo sarebbe morto un giovane chierico di nome Rufino, al servizio della parrocchia del castello di Arce, nei pressi di Assisi. Il chierico sarebbe stato gettato in un pozzo dal parroco che tentava di indurlo a una falsa testimonianza e il suo corpo ritrovato in seguito, grazie a misteriose luci miracolose apparse ai monaci del Monte Subasio. L’identificazione del sito come chiesa è confermata dalla presenza di una piccola campanella sul tetto, di un’acquasantiera e di un’antica tavola lignea utilizzata come altare in epoca preconciliare. Si ritiene inoltre che il luogo sia stato frequentato da san Francesco e impiegato come lebbrosario. All’interno si conservano ancora affreschi del XV secolo, che recano alcuni graffiti lasciati dai visitatori nel corso dei secoli.
