La chiesa fu fondata nell’XI-XII secolo sui resti di un precedente tempio pagano dedicato a Giunone e Vesta. In seguito venne dedicata alla Natività e poi alla Madonna, e fu sottomessa all’Abbazia di San Silvestro di Collepino, retta da una congregazione camaldolese. Nel XV secolo attraversò un periodo di grande autonomia e prosperità, durante il quale fu consacrato l’altare maggiore e completata la ristrutturazione. Costruita a navata unica e con pianta a croce latina, conserva al suo interno la Cappella Baglioni, detta anche “Cappella Bella”, commissionata da un prelato dell’omonima famiglia perugina e decorata dal 1501 con tre affreschi di Bernardino di Betto, detto il Pinturicchio, considerati tra i suoi capolavori. Alla parete sinistra si trova l’Annunciazione; in quella di fondo l’Adorazione dei pastori e l’arrivo dei Magi; nella parete destra, la Disputa nel Tempio. Di particolare rilievo è la presenza di alcuni graffiti del XVI secolo, eseguiti sulle superfici affrescate della cappella, testimonianza del passaggio dei visitatori.
